Deux ans et demi après le départ de Sasuke de Konoha, Naruto revient transformé en homme prêt à sauver son ami. Il affronte des menaces toujours plus grandes : l'organisation criminelle Akatsuki, des pairs shinobis légendaires, et les légendes elles-mêmes. Cette suite explore des thèmes plus sombres et profondes sur la guerre, la paix, et le cycle de la haine.